Cuenta la historia de una niña, Misaki Suzuhara que, al llegar a Tokio donde va a vivir de ahora en adelante de una batalla entre lo que luego le explican son angeles, muñecas de pequeño tamaño, comprables en las tiendas, y cuyo juego de lucha es de los más populares allí. Con la ayuda del misterioso Icchan Misaki se inicia en el mundo de las luchas de ángeles, haciendo amistades y descubrimientos en el terreno de batalla que lograrán que lo vea como algo más que un simple juego.
Los Personajes de Angelic Layer aparecen de manera indirecta en el manga de Chobits. Por ejemplo Kaede Saitou es la hermana muerta de Minoru Kokubunji en Chobits, o Ichiro Mihara el creador de Chii (Elda) en la misma serie, ya que Angelic Layer es la precuela de Chobits.
