La historia sigue a Otonashi, un adolescente que tras morir despierta en el patio de un gigantesco colegio y sin recordar nada sobre su vida excepto su apellido. Al despertar encuentra a su lado a una chica llamada Yuri quien lo invita a unirse a la Shinda Sekai Sensen (SSS) o Frente de Batalla contra el Cielo (Nombre en turno), una organización que ella fundó y dirige para poder luchar contra Dios y encontrar una solución lógica a su ya ilógica existencia en ese mundo (el lugar donde ocurre la serie se cree que es el purgatorio).
Este mundo esta compuesto por una típica escuela publica con unas grandes instalaciones deportivas, ademas; aquí las personas no pueden morir, si lo hacen simplemente reviven. Los miembros de SSS con memorias de la vida tienen como su único enemigo en la escuela a la presidente del consejo, Tenshi (Ángel), un ser con poderes sobrenaturales que se encarga de mantener el orden en la escuela. Cualquiera que obedezca a Tenshi, se comporte como un estudiante normal o alcance a realizar en este mundo paralelo todos los deseos que no pudo cumplir mientras estaba con vida, desaparecerá, quedando asi en la escuela solo almas con conflictos internos que no pueden alcanzar 'la luz'. El destino de los desaparecidos se muestra como fatal para los miembros del SSS ya que Yuri sostiene que las almas reencarnan al desaparecer pero existiendo tan numerosa cantidad de especies es más probable que un alma reencarne en una pulga acuatica o un alga de coral, antes de volver a ser humano.
En el SSS, hay tres sub-divisiones que ayudan en las operaciones de la SSS contra el Ángel. La primera es una banda de cuatro chicas llamada Girls Dead Monster (Basadas en la banda real que interpreta el OST de la serie), cuyo objetivo es causar una distracción para las otras actividades que la SSS realiza; esto incluye distraer a Ángel y un gran número de NPCs (estudiantes normales 
sin alma equivalentes a los personajes no jugables de un videojuego), esos estudiantes y maestros de la escuela que Yuri considera "personajes comunes", no son humanos, pero parecen y actúan igual a estos.
Otra organización en el SSS es el Gremio, que se encuentra muy por debajo de la superficie del colegio, que sirve para suministrar lo necesario que el SSS usa para defenderse de Tenshi. Cualquier persona en la otra vida es capaz de crear cualquier cosa de la Tierra si el que la hace la recuerda con sus características y procedimientos para crear el objeto de su vida anterior, y el Gremio utiliza esta capacidad para producir mayormente armas.
Finalmente el tercer grupo es la SSS en sí cuyas actividades van desde simplemente causar alboroto durante las lecciones a sangrientos enfrentamientos contra Ángel, pasando por vandalismo escolar y uso inapropiado de elementos e infraestructura del colegio.
